Kelompok virus yang pernah diteliti untuk tujuan tersebut meliputi Adenoviridae, Caliciviridae, Picornaviridae, Reoviridae, dan Anellovirus.
Penggunaan virus manusia sebagai indikator memiliki keterbatasan karena keberadaannya dalam air limbah tidak selalu konsisten. Kelimpahan virus tertentu dapat berbeda di antara lokasi maupun periode pengambilan sampel.
Dalam penelitian yang dirujuk pada draf, hanya adenovirus yang dilaporkan ditemukan secara luas pada sampel air limbah mentah dari berbagai wilayah di Amerika Serikat. Virus lain, seperti Picobirnavirus dan Torque teno virus, juga dilaporkan memiliki kelimpahan tinggi di wilayah tertentu, tetapi konsentrasinya dapat bervariasi.
Salah satu keterbatasan utama penggunaan virus manusia adalah ketergantungan konsentrasi virus dalam limbah pada tingkat infeksi dan pelepasan virus atau viral shedding di dalam populasi pada waktu tertentu.
Ketika tingkat infeksi dan pelepasan virus berubah, jumlah virus manusia yang masuk ke saluran pembuangan juga dapat berubah. Kondisi tersebut dapat memengaruhi konsentrasi yang terukur dalam sampel air limbah.
PMMoV menawarkan pendekatan yang berbeda karena merupakan virus tanaman yang dapat masuk ke saluran pencernaan manusia melalui konsumsi pangan. Keberadaannya berpotensi memberikan indikator pencemaran fekal yang lebih konsisten karena berkaitan dengan pola konsumsi cabai, bukan secara langsung dengan prevalensi infeksi virus pada manusia.
Meski demikian, konsistensi tersebut tidak dapat dianggap berlaku untuk semua wilayah dan kondisi. Keberadaan PMMoV tetap perlu diuji melalui penelitian lapangan, termasuk dengan mempertimbangkan kemungkinan sumber dari feses hewan yang mengonsumsi tanaman terinfeksi.