Secara umum, pemeriksaan dapat dimulai dari pengambilan sampel air. Sampel kemudian dapat melalui tahap pemekatan atau pemrosesan apabila diperlukan, sebelum materi genetik diekstraksi untuk pemeriksaan lebih lanjut.
Setelah RNA diperoleh, proses berikutnya adalah sintesis DNA komplementer atau complementary DNA (cDNA). Tahap ini diperlukan karena materi genetik PMMoV berupa RNA, sedangkan proses amplifikasi dalam metode yang digunakan memanfaatkan DNA sebagai cetakan.
Berikutnya, materi genetik target diamplifikasi menggunakan primer spesifik yang dirancang untuk mengenali bagian tertentu dari materi genetik PMMoV. Hasil pemeriksaan kemudian dianalisis untuk menentukan apakah target genetik virus terdeteksi dalam sampel.
Secara garis besar, rangkaian pemeriksaan meliputi pengambilan sampel air, pemekatan atau pemrosesan sampel jika diperlukan, ekstraksi RNA, sintesis cDNA, amplifikasi dengan primer spesifik, serta interpretasi hasil.
Alur tersebut dapat digunakan dalam pemeriksaan menggunakan PCR konvensional maupun reverse-transcription quantitative PCR (RT-qPCR). Keduanya memiliki prinsip dasar untuk mendeteksi target genetik, tetapi memberikan jenis informasi yang berbeda.
PCR konvensional pada prinsipnya digunakan untuk mengetahui keberadaan target genetik. Hasilnya dapat membantu menjawab apakah materi genetik PMMoV terdeteksi pada sampel yang diperiksa.
Sementara itu, RT-qPCR memungkinkan peneliti memperkirakan jumlah salinan genetik melalui pemantauan sinyal fluoresensi selama proses amplifikasi. Pendekatan ini memberikan informasi kuantitatif yang dapat digunakan untuk membandingkan konsentrasi PMMoV pada sampel berbeda.
