Saat tiba, Jepang mendapati pabrik dalam keadaan berhenti beroperasi. Produksi terhenti total setelah kawasan Indarung dan Pelabuhan Teluk Bayur sebelumnya mengalami pemboman, menyebabkan para buruh meninggalkan lokasi dan pengapalan semen terhenti berbulan-bulan.
Situasi ini menandai awal periode baru yang keras. Staf Belanda beserta keluarga mereka dikumpulkan, dipindahkan, lalu diinternir, sementara serdadu KNIL di sekitar Indarung dieksekusi di kawasan Gadut.
Dengan bantuan karyawan Indonesia, terutama Doesoen Malin Kayo yang memegang kunci pabrik, Jepang menghidupkan kembali fasilitas produksi. Pada Agustus 1942, pabrik kembali beroperasi dengan nama Asano Cement, kemudian berubah menjadi Pabrik Semen Indarung.
Seluruh unsur berbahasa Belanda dihapus dan penggunaannya dilarang. Produksi semen diarahkan untuk kepentingan ekonomi perang Jepang, termasuk pembangunan benteng, jembatan, dan infrastruktur militer di berbagai wilayah Indonesia serta Asia Tenggara.
Peristiwa penting kembali terjadi pada 24 Agustus 1944 ketika sekitar 40 pesawat pembom Sekutu menyerang kawasan tersebut. Ratusan ton bom dijatuhkan dan menyebabkan kerusakan berat pada pabrik. Sedikitnya 19 buruh tewas di sebuah lubang perlindungan, sementara ratusan lainnya mengalami luka-luka.
Setelah serangan itu, Jepang memaksa buruh membangun lebih banyak lubang perlindungan serta benteng pertahanan, sekaligus menempatkan meriam penangkis serangan udara di sekitar kawasan pabrik dan Gadut. Dalam konteks inilah, dua meriam yang kini berada di Lapangan Golf PT Semen Padang diyakini menjadi bagian dari sistem pertahanan kawasan industri strategis Indarung.
Tokoh masyarakat Indarung, Dharmansyah Siroen, menyebut dudukan beton meriam dibuat melalui kerja paksa masyarakat pribumi pada masa pendudukan Jepang.