Lima posisi menteri masuk dalam daftar pergantian, yakni Menko Politik dan Keamanan Budi Gunawan, Menteri Keuangan Sri Mulyani, Menteri Perlindungan Pekerja Migran Indonesia Abdul Kadir Karding, Menteri Koperasi Budi Arie Setiadi, serta Menteri Pemuda dan Olahraga Dito Ariotedjo.
Pada periode yang sama, Prabowo melantik Purbaya Yudhi Sadewa sebagai Menteri Keuangan, Mukhtarudin sebagai Menteri Perlindungan Pekerja Migran Indonesia, Ferry Juliantono sebagai Menteri Koperasi, Mochamad Irfan Yusuf sebagai Menteri Haji dan Umrah, serta Dahnil Anzar Simanjuntak sebagai Wakil Menteri Haji dan Umrah. Kursi Menko Polkam dan Menpora saat itu masih kosong.
Reshuffle ketiga dilakukan pada 17 September 2025.
Perombakan berikutnya dilakukan untuk mengisi sejumlah posisi yang masih kosong. Djamari Chaniago menjadi Menko Polkam dan Erick Thohir menjadi Menpora.
Afriansyah Noor dipercaya sebagai Wamenaker, Rohmat Marzuki sebagai Wamenhut, dan Farida Faricha sebagai Wamenkop.
Prabowo juga melantik Angga Raka Prabowo sebagai Kepala Badan Komunikasi Pemerintah, Sonny Sanjaya dan Naniek S Dayang sebagai Wakil Kepala BGN, Sarah Sadiqa sebagai Kepala LKPP, Ahmad Dofiri sebagai Penasihat Khusus Presiden Bidang Kamtibmas dan Reformasi Polri, serta Muhammad Qodari sebagai KSP.
Reshuffle keempat berlangsung 8 Oktober 2025.
Prabowo kemudian melantik Akhmad Wiyagus sebagai Wakil Menteri Dalam Negeri dan Benyamin Paulus Octavianus sebagai Wakil Menteri Kesehatan.
